נולד בשנת 1905 בברלין שבגרמניה ועלה לארץ בשנת 1936. הוא החל ללמוד רפואה באוניברסיטת ברלין אולם הפסיק את לימודיו לאחר שני סמסטרים של לימודי אנטומיה ועבר ללמוד במסגרת הפקולטה לאמנות.

סימון החל ללמוד פיסול אצל פרופסור קורט קלוגה, אך העיסוק בפיסול לא משך אותו ובשנת 1926 הוא נרשם לאקדמיה לאמנות בפרנקפורט בה למד ציור אצל מקס בקמן ורישום אצל הצייר פטר רסמוסן שהשפיע עליו רבות בתחום הרישום וסימון הצטרף אליו בסיוריו בצרפת, איטליה ובספרד. 

בשנת 1928 עבר לפריז שם למד בבוזאר בשנים 1931 עד 1934 ומשם עבר למארסיי ולטולון. בטולון התיידד עם הצייר הצרפתי אנדרה דרן שהיה ממובילי תנועת הפוביזם והושפע ממנו בתחום הציור בצבע.

סימון עלה ב-1936 והצטרף לקיבוץ גן שמואל. בקיבוץ צייר מעט בשנים הראשונות. תנועת השומר הצעיר שאליה השתייך קיבוץ גן שמואל, הועידה אותו ללמד ציור בסמינרים שלה והיה פעיל בארגון הציירים והפסלים של הקיבוץ הארצי. אחר כך מונה לעורך הגראפי של עיתון 'על המשמר'. היה פעיל בארגון 'ההגנה' ושירת במחלקת ההסוואה של הפלמ"ח במלחמת השחרור. הוא לא הלך בתלם האידאולוגי של התנועה בתחום האמנות, ולאחר ויכוחים ועימותים עם ראשי התנועה, הוא נפרד מהקיבוץ בשנת 1953 ועבר לתל אביב, שם פתח סטודיו לציור.

ב-1962 עבר לגור בהרצליה פיתוח ובמקביל, היה לו סטודיו לציור בכפר האמנים עין הוד.

בשנת 1949 השתתף בתערוכה הראשונה של קבוצת "אופקים חדשים" שנערכה במוזיאון תל אביב  ולאחריה בארבעה תערוכות קבוצתיות נוספות שלה. בשנת 1951 הופיע בפעם הראשונה בתערוכת יחיד בחו"ל.

בשנת 1952 הקים את המכון לאמנות ב'אורנים' יחד עם עוד מספר אמנים.
בשנת 1954 פרש מ"אופקים חדשים" ביחד עם מרסל ינקו ואהרן כהנא.

אשתו השנייה הייתה האופנאית  לייטרסדורף שהייתה "תופרת צמרת" שעסקה בעיצוב תלבושות לתיאטרון ועיצבה בגדים עבור "משכית". בהשפעתה ובעזרת מכריה בחוץ-לארץ , הם יצאו למסע ממושך באירופה ובאמריקה הלטינית (מאמצע שנת 1953 עד קיץ 1955) והושפע מאוד מהנופים שבאו לידי ביטוי באופן ציורי חדש ושונה מאשר יצירותיו מתקופת הקיבוץ.

בשנת 2001 התקיימה במוזיאון תל אביב תערוכה רטרוספקטיבית של יצירותיו "דיוקן כפול". האוצרת טלי תמיר כתבה קטלוג מחקרי מעמיק ומקיף על תולדות חייו ויצירתו של סימון.

יוחנן סימון ביצע מספר רב של ציורי קיר באוניות ישראליות, בבניינים ציבורים ובבתי מלון בארץ ובעולם. פעל גם כמאייר ספרים ועיצב תפאורות.

מבחר חלקי של פרסים:

1953, 1961, 1964 פרס דיזנגוף לאמנות הציור והפיסול מטעם עיריית תל אביב

1951 פרס הקונגרס לתרבות יהודית, ניו-יורק

1956 פרס הוועדה האולימפית הישראלית

1960 פרס ההסתדרות

מבחר חלקי של תערוכות יחיד :

1935 גלריה ז'אן קסטל, פריז

1943, 1947 מוזיאון תל אביב

1948 השתתף בביאנלה, ונציה

1951 גלריה בן אורי, לונדון

1953, 1958 מוזיאון תל אביב

1953 ביאנלה, סאו פאולו

1954 גלריה אוחנה, לונדון

,19541958 מוזיאון לאמנות מודרנית, סאו פאולו

1958 גלריה בוארסרי, קלן

1959 גלריה פלאטס, האג

1961 ארט סנטר, לימה

1962 גלריה פורמה, סן סלבדור

1963 מוזיאון לאמנות מודרנית , מיאמי

1964 גלריה ולכטורם, ציריך

1965 האוס אם ליצינפלץ, ברלין

1966 מוזיאון הרצליה

1967 גלריה קרטר, לוס אנג'לס

1972 מינכן, פרנקפורט

1976 ביתן האמנים, ת"א        

2001 רטרוספקטיבה, מוזיאון ת"א

יצירותיו נמצאות במוזיאונים ובאוספים חשובים רבים בארץ ובעולם.

יוחנן סימון אמן ישראלי ציור למכירה השקעה טובה