נולד בבאיראמאלי (Baýramaly) שבטורקמניסטן, לשם עברה משפחתו עקב מלחמת העולם השנייה. אביו מרדכי היה צייר אשר לא הצליח להשתלב באקדמיה בברית המועצות מכוון שהיה יהודי והתפרנס מציור דיוקנאות של הגיבורים הרוסיים, היה נצר למשפחת רבנים. סבו של יאן, שימש כרבה הראשי של פולין בשנת 1946. אחרי המלחמה המשפחה חזרה לקייב.
בגיל 12 יאן התקבל ללימודי בבית ספר תיכון מקצועי לציור בקייב (1954-1961). כשהיה בן 19 גויס לצבא הרוסי שם שירת כצייר צבאי. אחרי הצבא למד בפקולטה לגרפיקה שימושית במכון הפוליגרפי במוסקבה (1964-1968).
בשנת 1972 עלה ארצה עם אשתו אירה הפסלת (שהתפרסמה בארץ בזכות פיסול בובות מבדים), התגורר בצפת והתחיל ללמד ציור במכון אבני בתל אביב ובשנת 1979 התיישב ביפו. הוא לימד במשך השנים בבית ספר לאמנות "קלישר" בת"א, בבצלאל בירושלים ובמדרשה למורים לאמנות בבית ברל. שהה תקופה ארוכה לצורך עבודה בפריז ובניו יורק.
בשנת 2007 זכה בפרס רפפורט לאמן ישראלי בכיר ובשנה זו גםיצא ספר "פנים, שיחות עם יאן ראוכוורגר" מאת מיכל פלג בהוצאת כרמל, העוסק ביצירותיו.
מבחר חלקי תערוכות יחיד:
1975-1976 גלריה נועם, בית ליוויק, תל אביב
1978 גלריה שרה לוי, תל אביב
1979 גלריה דלסון-ריכטר, תל אביב
1982 גלריה סוזן וורסט, אמסטרדם
1982 סיטה דה זאר, פריז
1984 תצוגה מיוחדת של זוכי פרס דיסקונט, מוזיאון ישראל, ירושלים
1986 הגלריה בקיבוץ כברי
1987 "יאן ראוכוורגר, עבודות קטנות 1983-1986", גלריה אפרת, תל אביב
1989 "יאן ראוכוורגר: במשפחה, אמנות כאוטוביוגרפיה", מוזיאון לאמנות ישראלית, רמת גן
1990 "יאן ראוכוורגר: עבודות על נייר", מוזיאון הנגב, באר שבע
1991 שלוס בריץ, ניוקלן, ברלין
1992 סדנאות האמנים, תל אביב
1993 הגלריה בקיבוץ ראש הנקרה
1994 גלריה הפאלטה המוסקוואית, מוסקבה
1995 גלריה אינגה הרברט, ברלין
1996 הגלריה של החוג לאמנות, אוניברסיטת חיפה
1997 "ארבע שעות גגות", בית ראובן, תל אביב
2004 "במבט קרוב- יאן ראוכוורגר: עבודות מ1979 עד 2003", מוזיאון ישראל, ירושלים
2004 "במבט קרוב- יאן ראוכוורגר: עבודות מ1979 עד 2003", גלריה טרטייאקוב, מוסקבה
פרסים:
1984 פרס דיסקונט, מוזיאון ישראל, ירושלים
1986 פרס אוסקר הנדלר, קיבוץ לוחמי הגטאות
1998 פרס מאיר דיזנגוף לציור, עיריית תל אביב
2007 פרס רפפורט לציור, מוזיאון תל אביב לאמנות
יצירותיו נמצאות במוזיאונים ובאוספים רבים וחשובים בארץ ובעולם.