נולד בשנת 1936, עלה לארץ בשנת 1947, למד בשנים 1959-1961 במכון אבני אצל האמן יחזקאל שטרייכמן.
אפרת הוא מהאמנים הישראלים הראשונים שפעלו בתחום האמנות המושגית תוך כדי ששהה בלונדון בלימודיו בבית הספר לאמנות סנט מרטין בסוף שנות ה-60. יצירתו ורעיונותיו השפיעו על אמנים ישראלים חשובים כמו יהושע נוישטיין, מיכאל גיטלין, בוקי שוורץ ואחרים. עבודותיו היו מבוססות על אחדותם המוחלטת של התוכן והצורה. "קונקרטי הוא לימוד העובדות כפי שהן ושימוש בתכונות של העובדות הללו בצורה מסוימת בגלל מה שהן", אמר אפרת.
באמצע שנות ה-70 החל ליצור מיצגים בליווי סרט כשהוא מצייר על גבי תמונות הסרט המוקרנות על לוח.
בשנת 1976 עבר לניו-יורק והציג במוזיאון ויטני תערוכת יחיד של סרטים ומיצבי וידאו.
בתחילת שנות ה-80 עבר לפריז שם החל ליצור עם תודעה אידיאולוגית-אקולוגית, עבר לאמסטרדם ומשם לאנטוורפן. מאז ברוב השנים הוא מתגורר בישראל.
פגישתו של בני אפרת עם המדענים קארל סאגאן ופיליפ מוריסון ב -1977 כאשר הציג את פרויקט "גשר פוטני" בגלריית M.I.T בקיימברידג', מסצ'וסטס - הובילה למה שבמשך הזמן הפך להתעסקות עמוקה עם בעיות אקולוגיות, כאשר בשנות ה -80 סצינת האמנות עדיין נאחזה באקספרסיוניזם, אפרת היה עסוק באזהרת האנושות מסופה הקרב ובא באמצעות שלטים, ותמונות טבע מתפתלות מאחורי סורגים.
מספר יצירות מהקו המינימליסטי-קונספטואלי שלו משנות ה-70 שכללו סרטים, מופעי סרטים, הופעות, רישומים ומתקנים, כבר משקפות את התעניינותו באקולוגיה, בתקופה שבה עולם האמנות המערבי עדיין היה הרבה פחות רגיש לנושאים סביבתיים. ביצירותיו נמסרה האמירה המיוחסת לאמנות המינימליזם: "פחות זה יותר" / "פחות זה יותר - אבל לא מספיק" כפי שאמר Joel Shapiro. עבודותיו המוקדמות של אפרת פעלו כמו שדה אימונים לעבודות שיצר החל מ-1982 ועד היום.
אפרת ניתק את עבודותיו מכל מקום ספציפי, והתייחס אליהן בתרבות העכשווית תוך שהוא נודד אל העתיד, מעניק איכות מיסיונרית, מוסרית ונבואה לעבודתו.
יצירה בולטת שלו היא החדר האדום - "ריח ראשוני, סתיו 2054"
היצירה מורכבת מחדר ריק צבוע אדום (תקרה, קירות ורצפה). החדר, מפיץ כאילו ריח של דשא קצוץ טרי. הדשא משלים את עולם החיים (וככל הנראה מריח ירוק).
החדר יוצר עימות בין שני צבעים דומיננטיים: אדום וירוק. אפרת מעניק לשני הצבעים המשלימים מוטציה חדשה: הצבע הירוק שקוע בחוש הריח, בעוד הצבע האדום נספג דרך חוש הראייה. על כל קיר, קבוצה של בעלי חיים רועים הנראים מלמעלה (פילים, זברות, בקר, ג'ירפות וכו') צבועים בלבן חלבי.
הפרויקט ריח ראשוני - סתיו 2054 נושא נרטיב ראשוני של הגוף והרוח אשר באותו זמן מגלה שיחות עתיקות ועכשוויות. העבודה מציעה תוכן מגוון המחייב בחינה אינטרה-אמנותית עם מצבים פיזיים, חוויות עכשוויות וזיכרון.
נראה כי על ידי ציור בעלי חיים על הקירות, אפרת מחקה את ציורי המערות (ציורים ראשוניים). עם זאת, בעוד תמונות המערות שהציגו חיים ססגוניים ובכך ביטאו את כוחה וכבודה של החיה, מחליף אפרת את המערה בקוביה גיאומטרית מודרנית. תחושת החיים שהמערות העניקו לחיה הצבועה, מוחלפת בחלל החלול שלה מתוך ראיית הלוויין.
אפרת קיים תערוכות רבות וחשובות בארץ ובעולם.
פרסים:
1966 קרן התרבות אמריקה-ישראל.
1969 הביאנלה השישי של פריז לציירים צעירים.
1974 פרס סנדברג לאמנות ישראלית מטעם מוזיאון ישראל, ירושלים.
1992 פרס קרן התרבות אמריקה-ישראל
יצירותיו נמצאות באוספים ובמוזיאונים רבים וחשובים בארץ ובעולם.